Lietuvos kolegijų direktorių konferencija (toliau - LKDK) buvo įkurta 2002 m. birželio 5 d. Steigiamąjame susirinkime dalyvavo ir nutarimą įsteigti Lietuvos kolegijų direktorių konferenciją pasirašė Vilniaus kolegijos direktorius dr. Gintautas Bražiūnas, Vilniaus kooperacijos kolegijos direktorius Jonas Jakubauskas, Kolpingo kolegijos direktorė Leticija Juraškienė, Alytaus kolegijos direktorius Vytautas Lubauskas, Kauno kolegijos direktorius Mindaugas Misiūnas, Lietuvos jūreivystės kolegijos direktorius dr. Viktoras Senčila, Klaipėdos socialinių mokslų kolegijos direktorė Nijolė Skučienė, Utenos kolegijos direktorė Vida Stasiulionienė, Klaipėdos kolegijos direktorė Antanina Šereivienė, Kauno verslo kolegijos direktorė Eugenija Vagnerienė ir Marijampolės kolegijos direktorius Sigitas Valančius. Steigiamąjame susirinkime buvo patvirtinti konferencijos įstatai, sekretoriato nuostatai, taipogi suformuoti valdymo organai. LKDK prezidentu išrinktas dr. Gintautas Bražiūnas, viceprezidente - Eugenija Vagnerienė, Prezidiumo nariais - Mindaugas Misiūnas, Vida Stasiulionienė, Sigitas Valančius, LKDK revizoriumi - Vytautas Lubauskas. Konferencija vieningai nutarė įstoti į EURASHE (European Association of Institutions in Higher Education) bei aktyviai dalyvauti jos veikloje.

2002 m. birželio 21 d. Lietuvos kolegijų direktorių konferenciją kaip visuomeninę organizaciją įregistravo LR Teisingumo ministras V. Markevičius savo įsakymu Nr. 109-V

Per pusantrų metų konferencija išaugo nuo 11 iki 26 narių. Šiuo metu LKDK priklauso 26 iš Lietuvoje registruotų 28 kolegijų direktorių. Iš 26 direktorių 16 vadovauja valstybinėms, o 10 -nevalstybinėms kolegijoms.